Sous la II° République l’Église catholique renforce sa position.

La loi Falloux du 15 mars 1850 procède à une réorganisation de l’enseignement primaire et secondaire :

-          Organisation générale : le clergé est représenté dans le Conseil supérieur de l’enseignement public et dans les Conseils académiques des départements ; il y a deux catégories d’écoles : publiques et libres ; il est créé un corps d’inspection dont le contrôle ne porte, pour les établissements libres, que sur la moralité, l’hygiène et la salubrité.

-          Enseignement primaire : toutes les communes de plus de 800 habitants sont tenues, si leurs ressources le permettent, d’ouvrir une école primaire de filles ; l’enseignement primaire comporte une instruction religieuse ; tout ministre d’un culte reconnu par l’État est habilité à exercer la fonction d’instituteur ; l’ouverture d’une école libre fait l’objet d’une simple déclaration avec possibilité pour le recteur de s’y opposer ; les congrégations disposent d’un pouvoir de proposition pour la nomination des instituteurs communaux ; une commune peut être dispensée d’entretenir une école publique si elle pourvoit à l’enseignement de tous les indigents dans une école libre ; le clergé est investi avec le maire d’une mission de surveillance et de direction morale des écoles primaires ; les lettres d’obédience tiennent lieu de brevet de capacité pour les institutrices appartenant à des congrégations reconnues ; la loi rétablit l’appellation « salles d’asiles » ; les salles d’asiles peuvent être libres ou publiques ; les salles libres sont habilitées à recevoir des financements publics.

-          Enseignement secondaire : les établissements libres d’enseignement secondaire peuvent obtenir un local public ou une subvention publique qui ne peut pas dépasser le dixième de leurs dépenses ; la création de nouvelles écoles confessionnelles d’enseignement secondaire est soumise à l’accord de l’État.

Le vote de cette loi a suscité d’intenses débats et a offert l’opportunité à Victor Hugo, qui y était opposé, de prononcer un discours où figure cette phrase souvent citée : « Je veux l’État chez lui et l’Église chez elle ». Cette loi qui a donné un rôle important au clergé dans le système éducatif et a fait bénéficier les établissements libres de financements publics, a été à l’origine de situations conflictuelles qui ont perduré. Les derniers articles encore en vigueur de la loi Falloux ont été abrogés en juin 2000 lors de l’adoption de la partie législative du Code de l’éducation.

Les salles d’asile, souvent dirigées par des religieuses, prennent le nom d’écoles maternelles. La lettre d’obédience est supprimée pour les établissements de filles dirigés par les congrégations et leurs institutrices sont obligées de passer les épreuves du brevet de capacité.