Selon la nature des relations Etat-Eglises, les pays peuvent être classés en quatre catégories (typologie inspirée des travaux du professeur Francis Messner) :

• Les systèmes de séparation plus ou moins stricte : ce sont des pays à laïcité proclamée ou ne reconnaissant aucune religion ou n’accordant aucun statut particulier aux cultes. Le degré de séparation peut être plus ou moins strict, sachant que dans aucun pays européen il n’existe de séparation absolue.
• Les systèmes d’Église d’État, d’Église nationale dominante ou établie : ces Églises sont étroitement liées à la sphère publique et en reçoivent un soutien financier important (à l’exception du Royaume-Uni).
• Les systèmes de cultes reconnus dans un cadre conventionnel ou légal : les rapports des Églises avec l’État sont réglés par des lois, des traités internationaux ou des accords internes ; ces instruments étant spécifiques de chacun des cultes ainsi reconnus (ces cultes ont une autonomie plus ou moins grande par rapport à l’État). Ce système concerne principalement des pays où une ou deux religions jouissaient à l’origine d’un statut privilégié (Concordat avec le Saint-Siège, par exemple) qui a été progressivement étendu à d’autres cultes. D’une manière générale, ces systèmes impliquent des inégalités de traitement entre les cultes, selon le degré de reconnaissance qui leur est accordé.
• Les systèmes de cultes reconnus dans un cadre juridique général : les religions sont autonomes par rapport à l’État, mais sont soumises à une procédure spécifique d’enregistrement ; ces systèmes favorisent une coopération plus ou moins prononcée entre les religions et l’État.