Sous le Second empire, la loi Fortoul du 14 juin 1854 réorganise l’enseignement en instituant 16 grandes académies dirigées par un recteur (avec un Conseil académique où le clergé est représenté) et au niveau de chaque département de la circonscription académique, un Conseil départemental de l’instruction publique (avec une représentation du clergé).

La loi Victor Duruy du 10 avril 1867 fait obligation aux communes à partir de 500 habitants d’avoir au moins une école primaire pour les filles et encourage la fréquentation (caisse des écoles). Les écoles libres qui tiennent lieu d’école publique ou qui reçoivent des subventions sont sujettes à inspection.

L’essor des congrégations, commencé sous la Restauration, s’intensifie sous le Second empire, à un point tel qu’un auteur a employé l’expression « d’invasion congréganiste ».