Les rapports avec la religion catholique sont réglés par le concordat du 15 juillet 1801 et ses Articles organiques. Selon l’historien Jean Baubérot, la signature de ce concordat constitue un premier seuil de laïcisation « caractérisé par une fragmentation institutionnelle (la religion perd sa vocation sociale totalisante), la reconnaissance de la légitimité sociale de la religion et le pluralisme des cultes reconnus »[1].

Le concordat ne fait pas du catholicisme une religion d’État, mais « la religion de la majorité des Français ». Il vise à mettre fin aux conflits nés de la mise en œuvre de la constitution civile du clergé et à consolider le régime. La papauté renonce aux biens enlevés à l’Église pendant la période révolutionnaire, mais les lieux de cultes et les biens non aliénés sont restitués à l’Église. En contrepartie, le gouvernement rémunère le clergé. Les archevêques et évêques sont nommés par le Premier consul et le pape leur confère l’institution canonique. Les évêques nomment les prêtres parmi les personnes agréées par le gouvernement. Le clergé prête un serment de fidélité. Le Premier consul ajoute de manière unilatérale au Concordat des Articles organiques destinés à en préciser le contenu, mais qui en réalité limitent fortement les pouvoirs de la papauté sur le clergé national.

Des textes de même nature traitent d'autres religions : (i) : pour les cultes protestants (réformé et calviniste) : les Articles organiques du 8 avril 1802  ; (ii) pour le culte israélite : le Règlement du 10 décembre 1806 et Décret impérial du 17 mars 1808 (les rabbins ne seront rémunérés qu’à partir de 1808).

Le concordat de 1801 a pu être présenté comme accordant une position privilégiée aux églises, et notamment à l’Église catholique. Pour les gouvernants de l’époque, un de ses premiers mérites était de les encadrer en les soumettant à un strict contrôle policier (Portalis l’exprime clairement dans son discours sur l’organisation des cultes devant le Corps législatif le 5 avril 1802[2]).

Ces différents textes resteront applicables jusqu’à leur abrogation unilatérale par le gouvernement avec l’adoption de la loi de 1905 (exception faite des départements d’Alsace et de la Moselle, pour des raisons historiques).

Sous l’Empire (1804-1814), alors que toutes les congrégations avaient été dissoutes par l’article 11 des Articles organiques du Concordat, un décret du 3 messidor an XII (22 juin 1804) prévoit qu’elles peuvent être autorisées par décret impérial.

[1] Rapport à l’Assemblée nationale de la mission d’information sur la question du port des signes religieux à l’école (2003)

[2] Cité par le Conseil constitutionnel dans son commentaire sur la décision 2012-297 QPC du 21 février 2013 relative au traitement des pasteurs protestants en Alsace-Moselle.