Une loi du 10 mai 1806 crée l’Université impériale (sous la Révolution les universités avaient été dissoutes par un décret du 15 septembre 1793), qui englobe tous les niveaux d’enseignement de l’école primaire à la faculté. Les modalités d’application seront définies par un décret du 17 mars 1808, dont l’article 38 précise que l’Université prendra pour base de son enseignement les préceptes de la religion catholique et dont l’article 109 invite le Grand Maître de l’Université à soutenir les Frères des écoles chrétiennes.

En pratique, l’Université ne s’occupera que l’enseignement supérieur et secondaire. En effet, un décret du 15 août 1808 confie l’enseignement primaire et la formation des instituteurs aux Frères des écoles chrétiennes, qui avaient reconstitué leur congrégation sous le Consulat. La congrégation reprend effectivement ses activités en 1810 (ce sera la seule congrégation à vocation éducative autorisée sous l’Empire). Dans l’enseignement secondaire, les lycées subissent la concurrence des séminaires. La dualité entre établissements publics et privés y crée des tensions qui conduisent l’empereur à diligenter une enquête. Les résultats de ces investigations conduisent à la réforme de l’Université de 1811 : les élèves des établissements privés sont tenus de suivre les cours des collèges et lycées, le nombre de petits séminaires est limité à un par département, il y aura un doublement du nombre de lycées.