Bien que mettant en œuvre une laïcisation de l’enseignement et luttant contre les congrégations, les républicains (Gambetta, Ferry, Waldeck-Rochet et Combes lui-même) se sont longtemps accommodés de l’existence du Concordat de 1801.

Unis dans leur opposition au cléricalisme, les républicains restaient divisés sur les modes d’action. Il existait notamment un courant concordataire. Un de ses initiateurs était le député Paul Bert (ancien ministre de l’Instruction et un des grands fondateurs avec Jules Ferry de l’école laïque). Il concluait dans son rapport du 31 mai 1883 (voir la partie 1, la partie 2, la partie 3, la partie 4 et la partie 5) sur diverses propositions de loi (et en soulignant que la commission dont il était le rapporteur n’avait considéré les sujets traités que sous l’angle politique) que : « sans nier le bien-fondé théorique de la thèse de la séparation de l'Église et de l'État, il y avait d'une part danger pour la société civile à feindre d'ignorer l'existence de ce pouvoir formidable encore, et d'autre part impossibilité, à l'heure actuelle, d'en restreindre l'étendue sans son propre acquiescement….Nous considérons que sa stricte exécution [le concordat] est aujourd'hui la plus sûre protection contre les envahissements d'une puissance politique [l’Église catholique] redoutable à la fois par son antiquité, son organisation, ses moyens d'action sur les âmes, le but de ses efforts….L’organisation d’un clergé national [ne peut être l’objectif] de républicains également soucieux de la liberté de conscience et de l'indépendance de l'État laïque ». La commission proposait le maintien du concordat « avec une exécution stricte » et le maintien du budget des cultes.

Ces divisions expliquent que le Concordat ait perduré une trentaine d’années après l’instauration de la III° république.

Mais à partir de 1903 la séparation de l’Église et de l’État devient un enjeu parlementaire, tandis que les relations entre la République et le Saint-Siège se tendent.

Émile Combes prononce à Auxerre le 4 septembre 1904 un discours dans lequel il annonce que la séparation des l’Eglises et de l’État est désormais inéluctable[1]. Le non-respect par le Saint-Siège des termes et de l’esprit du Concordat sera mis en avant pour justifier sa dénonciation par la République.

[1] Le discours fournit des informations sur l’importance des congrégations en France en 1902 : 914 autorisées dont 5 d’hommes et 909 de femmes ; 457 en instance d’autorisation dont 61 d’hommes et 396 de femmes. Ces 1371 congrégations (914 + 457) ont fondé un total de 20.823 établissements, dont 16.904 établissements d’enseignement.