Un décret du 27 septembre 1907 avait élargi l’application de la loi de 1905 à l’Algérie ; mais en pratique la loi sera imparfaitement mise en œuvre (indemnités attribuées aux imams, agrément nécessaire pour le prêche dans les mosquées, organisation du pèlerinage à La Mecque).

Les colonies ont été exclues de la mise en œuvre de la loi de 1905, compte tenu de leurs spécificités : le gouvernement souhaitait conserver un contrôle des autorités religieuses locales et les missions jouaient un rôle non négligeable en matière d’enseignement et d’assistante médicale. L’absence d’application des lois de 1901 sur le contrat d’association et de 1905 y rendait impossible la création d’associations cultuelles ou la constitution de congrégations. Pour combler ce vide juridique le ministre des Colonies Georges Mandel a fait adopter les décrets-lois du 16 janvier 1939 et du 6 décembre 1939 6 décembre 1939 : les cultes peuvent s’organiser en missions religieuses dotées de la personnalité morale et d’un conseil d’administration pour les représenter dans les actes de la vie civile ; l’objet des missions n’est pas limité à l’exercice du culte ; l’État exerce un contrôle sur les conseils d’administration ; les ministres du culte ne sont pas rémunérés par l’État ; l’entretien et la réparation des édifices du culte qui appartiennent aux missions sont à leur charge ; lorsqu’une opération d’équipement d’un édifice du culte répond à un intérêt général, les collectivités peuvent la subventionner.