À Mayotte, le droit des cultes est régi par le seul décret Mandel du 16 janvier 1939, depuis la date d’adoption de ce texte. Le passage en 2011 au statut de département d’outre-mer n’a pas modifié cette situation.

Le culte catholique a constitué une mission religieuse régie par le décret Mandel ; les ministres du culte sont rémunérés par la mission, qui prend également en charge l’entretien et les réparations des édifices du culte.

Le culte musulman (majoritaire) organise ses activités dans le cadre d’associations régies par la loi de 1901 qui est applicable à Mayotte (y inclut son titre II depuis 1981). Une ordonnance du 3 juin 2010 a supprimé les activités juridictionnelles des cadis ; les juges ont la possibilité de les consulter sur des points de droit local et ils conservent un rôle de médiation et de conciliation (ils conservent également leur qualité de ministre du culte musulman). Il est mis fin à leur recrutement par concours (les cadis en poste continuent à être rémunérés en tant que médiateurs jusqu’à leur départ à la retraite).

Les citoyens peuvent choisir entre le statut de droit commun, identique à la métropole et un statut personnel de droit local dérogatoire au Code civil et à la laïcité ; ce statut touche le droit des personnes, le droit des successions et le droit foncier.