Aux termes de l’article 141-6, l’enseignement supérieur public est laïque et indépendant de toute emprise politique, économique, religieuse ou idéologique.

La Conférence des Présidents d’Universités (CPU) a publié en juillet 2004 un guide Laïcité et enseignement supérieur qui : (i) préconise pour combattre le flou des règles de fonctionnement, l’adoption d’un règlement intérieur et/ou d’une charte d’établissement ainsi que la signature de conventions avec certains partenaires ; (ii) donne des indications sur le cadre juridique et fournit des conseils sur la manière de traiter les conflits qui sont susceptibles de naître du fait de revendications à caractère religieux ou communautaristes :

- déroulement des cours : neutralité des enseignants ; condamnation des comportements qui portent atteinte à la liberté d’expression ; le port de tenues manifestant une appartenance religieuse par les étudiants n’est pas a priori incompatibles avec les règles de la laïcité ; condamnation des actes de prosélytisme ; condamnation des comportements remettant en cause la mixité des enseignements ; refus de prendre en compte les fêtes propres à certaines religions pour l’établissement du calendrier des enseignements ;

- déroulement des examens : non prise en compte de critères religieux pour la fixation des dates d’examen écrits ; souplesse admise pour les examens oraux ; interdiction d’exhiber des ouvrages religieux lors des examens ; proscription de toute contestation du choix d’un examinateur pour des motifs religieux ou de sexe ;

- participation de l’animation à la vie étudiante : maintien d’une égalité de traitement dans l’affectation de locaux aux associations étudiantes ; les critères d’attribution doivent être pertinents, transparents et non discriminatoires ; interdiction d’utilisation des locaux à des fins de prosélytisme religieux ; rejet des demandes de locaux pour des activités cultuelles ; contrôle du contenu des manifestations organisées dans des locaux universitaires (signature d’une convention) ;

- participation au financement d’activités étudiantes : veiller à ne pas financer des activités cultuelles ;

- participation à la vie démocratique étudiante : saisir les juridictions compétentes si des comportements répréhensibles sont relevés lors des élections étudiantes (une appartenance religieuse ou un lien avec une association religieuse ne sont pas un motif d’intervention).

Une synthèse pratique de ce guide a été publiée par la CPU en mars 2015.