Il subsiste aujourd’hui au sein de l’Université Marc Bloch de Strasbourg deux instituts de théologie catholique et protestante ainsi qu’un Centre autonome à Metz (au sein de l’université de Lorraine), qui relèvent du droit local alsacien-mosellan. Ces structures délivrent des diplômes d’Université et d’Etat de théologie catholique, protestante et de droit canon. Suite à une convention internationale signée en 1902 (confirmée en 1923) entre le Saint-Siège et le gouvernement allemand pour la Faculté théologique catholique de Strasbourg et à une convention signée en 1974 entre le Saint-Siège et le gouvernement français pour le Centre autonome d’enseignement de pédagogie religieuse de Metz, ces deux établissements sont soumis à l’autorité de l’épiscopat de Strasbourg et de Metz. Les relations de faculté de théologie protestante de Strasbourg avec les églises réformées et luthériennes sont régies par un décret du 26 mars 1852.