Les établissements publics de santé sont confrontés à des difficultés dans la mise en œuvre des principes de la laïcité. Les principaux problèmes rencontrés sont : le refus de certains soins, le refus de recevoir des soins en raison du sexe du soignant, les violences contre le personnel, les troubles dans les services d’urgence, les cantines parallèles aux cantines hospitalières.

Les règles de mise en œuvre de la laïcité dans les établissements publics de santé sont explicitées par une circulaire du 2 février 2005 :

— Tous les patients sont traités de manière identique quelles que soient leurs convictions religieuses : ils ont la garantie de la libre pratique de leur culte et de la manifestation de leurs convictions religieuses ; ils reçoivent la visite du ministre du culte de leur choix ; le livret d’accueil comporte des informations sur les différents cultes ; les familles des malades en fin de vie se voient garantir la possibilité de pratiquer les rites de leur culte. Ces droits s’exercent dans le respect de la liberté de l’autre (interdiction du prosélytisme) et ne doivent pas porter atteinte à la qualité des soins et aux règles d’hygiène, à la tranquillité des autres personnes hospitalisées et au fonctionnement régulier du service.  

— Les patients ne doivent pas douter de la neutralité des agents hospitaliers : interdiction du port d’un signe destiné à marquer une appartenance à une religion (avis du Conseil d’État du 3 mai 2000, Mlle Marteaux).

— Le malade a, en dehors des cas d’urgence, le libre choix de son praticien et de son établissement de santé ; Ce droit ne peut être exercé que par le malade lui-même et doit se concilier avec les règles relatives à l’organisation du service ou la délivrance des soins.

Il existait depuis 1995 une charte du patient hospitalisé. Une circulaire du 2 mars 2006 la remplace par une charte de la personne hospitalisée. Certaines dispositions de la nouvelle charte ne sont applicables qu’aux établissements publics, tandis que d’autres sont communes aux établissements publics et privés. S’agissant de la laïcité, la charte précise que le patient doit être traité avec égards : respect de ses croyances et convictions sans que l’expression de ses convictions religieuses porte atteinte au fonctionnement du service, à la qualité des soins, aux règles d’hygiène ou à la tranquillité des autres personnes.

Une circulaire du 20 décembre 2006 relative aux aumôniers des établissements publics de santé prévoit la possibilité de recruter des aumôniers à plein temps et la mise à disposition de lieux de prière. Une circulaire du 5 septembre 2011 établit une charte des aumôneries dans les établissements hospitaliers  : définition des missions et du champ d’intervention, rôle en tant qu’agent public (médiateur, formateur), cadrage de l’intervention de l’aumônier (projet de service discuté avec l’administration hospitalière)

Le Point d’étape de l’Observatoire de la laïcité du 25 juin 2013 incorpore un état des lieux dressé par le ministère de la Santé, selon lequel il y a un « discours dissonant » entre :

— une perception relayée par les médias et certains livres, qui dénoncent des atteintes à la laïcité ;

« ce qui remonte du terrain et qui fait état d’une situation apaisée et sous contrôle : non qu’il ne se passe rien, mais les communautés hospitalières semblent gérer sans démissionner….Les dispositions de la circulaire de février 2005 ont globalement répondu aux attentes de la communauté hospitalière ».

Alors que la Commission Stasi avait envisagé une loi sur la laïcité à l’hôpital, le ministère de la Santé estime que l’arsenal juridique existant est suffisant. « Depuis 2005 il ya eu dans les services hospitaliers acquisition d’une expérience qui permet de repérer les situations à risque et de savoir les gérer. »

La Fédération Hospitalière de France (FHF) a chargé sa commission des usagers de formuler des propositions sur la laïcité. Dans son rapport laïcité 2015, la FHF constate que seul un tiers des établissements ayant participé à l'enquête (170) ont fait remonter une situation problématique avec les usagers et un cinquième avec des professionnels des établissements ; ces situations ayant été traitées sans difficulté notable. La FHF formule 22 recommandations qui s'articulent en 4 axes : (i) confier un rôle accru aux commissions des usagers, notamment pour mieux observer les situations ; (ii) améliorer la communication vers lesprofessionnels et les usagers ; (iii) mieux former les acteurs du soin et de l'accueil ; (iv) promouvoir le partage des bonnes pratiques.