Le médecin peut faire valoir une clause générale de conscience (le terme n’est jamais employé dans le Code de santé publique) qui lui donne le droit de refuser de pratiquer des actes permis par la loi, mais dont il estime qu’ils sont contraires à ses convictions professionnelles ou personnelles. Ce droit trouve son fondement dans l’article R4127-47 du Code de santé publique qui lui ouvre cette possibilité, hors le cas d’urgence et celui où il manquerait à son devoir d’humanité.