La loi de séparation de 1911, prise à la suite de la Révolution de 1910 et confirmée par la Constitution de 1911, avait déjà établi un régime de neutralité religieuse de l’État (auparavant, le catholicisme était la religion d’État). Après la fin du régime républicain en 1926, la constitution de 1933 maintient le régime de séparation et l’égalité des différentes confessions ; mais à partir de 1935 le catholicisme retrouve un statut de « religion de la nation portugaise » et en 1971 de « religion traditionnelle de la nation portugaise ».

La Constitution de 1976 prévoit la liberté de conscience et de religion, la séparation de l’État et des Églises (il est précisé que toute modification constitutionnelle doit respecter cette séparation), la libre organisation des confessions et la libre célébration de leurs cultes. Elle garantit aussi le libre exercice de l’enseignement religieux. Elle interdit aux partis politiques d’utiliser des appellations ou des emblèmes qui évoquent les religions.

En 1940 le pays avait signé avec le Saint-Siège un Concordat favorable à l’Église catholique : enseignement catholique obligatoire dans les écoles, statut institutionnel privilégié et régime fiscal spécifique (revenus des ministres du culte non imposables ; exemption de TVA).

Une loi de 1971, pour atténuer le caractère inégalitaire du Concordat, prévoyait la reconnaissance de droits institutionnels à d’autres confessions ; sous son régime, 3 confessions avaient été reconnues : évangélique méthodiste, adventiste du septième jour et armée du salut (le catholicisme restait sous le régime du Concordat de 1940).

La loi sur la liberté religieuse de 2001 (complétée par des décrets-lois de 2003) prévoit deux niveaux de reconnaissance :

— les communautés religieuses « inscrites » sur un registre des personnes collectives religieuses ;

— les communautés religieuses « enracinées » qui répondent à deux critères : au moins 30 ans d’existence au Portugal et un nombre de membres se référant à des traditions religieuses « reconnues et pratiquées » ; seule cette dernière catégorie a le droit de négocier un accord avec l’État ; à ce jour, seule l’Église catholique a signé un tel accord.

La loi prévoit que toutes les communautés religieuses inscrites bénéficient d’un régime fiscal identique : exemptions d’impôts sur les immeubles destinés au culte ; déduction des dons de l’impôt sur le revenu ; possibilité pour chaque contribuable de décider de l’affectation d’un pourcentage de son impôt sur le revenu à des œuvres caritatives ou religieuses.

La loi prévoit que les confessions non enregistrées sont régies par les dispositions du Code civil.

Le nouveau concordat, signé en 2004 dans le cadre de la loi sur la liberté religieuse de 2001, maintient les avantages fiscaux spécifiques de l’Église catholique.

Les Églises ne bénéficient d’aucun financement public direct.

Depuis un décret-loi de 2007, le Code civil reconnaît le mariage civil et le mariage religieux célébré par toute confession implantée au Portugal (auparavant, seul le mariage catholique était reconnu) ; pour être valide, le mariage religieux doit faire l’objet d’une transcription sur le registre d’état-civil.