La Constitution de 1960 prévoit deux communautés : (i) grecque, qui réunit les citoyens d’origine, de langue ou de culture grecque ou ceux qui sont membres de l’Église orthodoxe grecque ; (ii) turque qui comprend les citoyens d’origine, de langue ou de culture turque ou ceux qui sont musulmans.

Les chambres des communautés grecque et turque prévues par la Constitution ont pouvoir législatif pour les affaires religieuses de ces communautés ; la chambre grecque s’est autodissoute et la chambre turque n’existe plus en pratique du fait de l’émigration des populations musulmanes vers la partie de l’île occupée par la Turquie.

Les citoyens qui n’entrent pas dans une des deux catégories ci-dessus et qui appartiennent à un « groupe religieux » seront rattachés à la communauté choisie par leur groupe.

La Constitution prévoit en effet l’existence de « groupes religieux » constituant un ensemble de personnes domiciliées de manière légale à Chypre et qui ont la même religion ou appartiennent au même rite ; ces groupes ont le droit d’avoir des représentants dans la chambre des communautés à laquelle ils ont choisi de se rattacher. Les groupes qui ont été définis en annexe au traité de fondation de la République (arméniens, maronites et catholiques romains) ont opté pour le rattachement à la communauté grecque ; du fait de l’autodissolution de la chambre grecque, ces 3 groupes élisent chacun un représentant (sans droit de vote) à la Chambre des représentants. Il est désormais impossible à une nouvelle confession d’être reconnue en tant que groupe religieux ou de retirer cette qualité à l’un des groupes religieux existants.

La Constitution garantit la liberté religieuse et établit l’égalité des confessions devant la loi. Par ailleurs, elle protège le droit de propriété des institutions chrétiennes et musulmanes ; notamment, les questions relatives aux waqf (mainmorte islamique) sont traitées selon les règles spécifiques de cette catégorie de biens.

La Constitution conserve des dispositions héritées du décret impérial ottoman de 1856 : la loi et les tribunaux religieux de chaque communauté (orthodoxe, islam et autres groupes religieux) régissent le droit de la famille (sauf si la loi religieuse est en contradiction avec la constitution).

La Constitution prévoit également que : (i) l’église orthodoxe autocéphale de Chypre conserve le droit exclusif de s’administrer tant sur le plan doctrinal que sur le plan administratif selon ses propres règles (définies par une Constitution ecclésiastique de 1980) ; (ii) ce droit d’auto-administration bénéficie également aux autres « groupes religieux » reconnus par la République. L’Église orthodoxe et les autres groupes religieux sont des personnes juridiques de droit privé.

Il résulte de l’ensemble des dispositions de la Constitution qu’il n’existe pas de religion d’État ou dominante et que l’État n’est pas confessionnel. En revanche, on peut considérer qu’il existe un système de coordination entre l’État et les religions.

Les autres confessions (par exemple Témoins de Jéhovah ou les israélites) bénéficient de la liberté religieuse et sont égales devant la loi, mais ne sont pas considérées comme un « groupe religieux » (et ne bénéficient donc pas d’un statut constitutionnel spécifique).

L’État ne met aucun moyen à la disposition des diverses confessions et ne prélève aucun impôt qui leur serait destiné. En contrepartie d’un transfert par l’église orthodoxe de biens immobiliers à l’État, ce dernier finance les traitements des ministres de ce culte dans les paroisses rurales ; depuis 1999, le gouvernement a décidé que cette mesure s’appliquerait aux trois groupes religieux.

L’éducation religieuse fait partie de l’enseignement obligatoire ; il s’agit d’une instruction à la religion orthodoxe (elle est obligatoire pour les élèves orthodoxes ; les membres des autres confessions peuvent demander à ne pas la suivre). Elle est assurée dans le primaire par les enseignants eux-mêmes et dans le secondaire par des diplômés en théologie.

Les autorités ecclésiastiques sont autorisées depuis 2002 à célébrer des mariages au même titre que les officiers d’état-civil (il existe depuis 1990 un mariage civil).