La Constitution de 2010 prévoit que toutes les communautés religieuses sont égales devant la loi et séparées de l’État. Elle proclame la liberté religieuse et déclare que les communautés recevront la protection et l’assistance de l’État dans leurs activités.

Jusqu’en 2002, l’Église catholique a bénéficié d’une situation privilégiée. L’État a signé avec le Saint-Siège en 1996 et 1998 (Concordat) des accords sur les aspects juridiques (reconnaissance du mariage religieux), la coopération dans le domaine de l’éducation et de la culture (instruction religieuse dans les écoles publiques), les aumôneries militaires et les aspects économiques (les biens immobiliers qui avaient été confisqués pendant la période de l’ex-Yougoslavie sont restitués à l’Église catholique ou elle perçoit une indemnisation ; prise en charge par l’État des frais de fonctionnement de l’Église catholique).

Depuis 2002, la situation des autres confessions est régie par une loi sur le statut juridique des communautés religieuses, qui prévoit leur enregistrement auprès du ministère de la Justice. L’inscription sur le registre leur confère la personnalité morale, mais ne leur accorde aucun avantage particulier. La loi établit une différence entre les confessions déjà existantes pour lesquelles le processus d’enregistrement est simple et les confessions nouvelles. Pour ces dernières il était demandé de justifier de 5 ans d’existence et d’au moins 500 membres.

De plus, la loi de 2002 étendait aux confessions qui signeraient des accords avec l’État, le bénéfice de la quasi-totalité des avantages accordés à l’Église catholique. Cependant en 2004, le gouvernement a durci les modalités de signature d’un accord en modifiant les conditions : (i) soit avoir eu une activité continue et légale en Croatie depuis le 6 avril 1941 (invasion du royaume de Yougoslavie par les forces de l’Axe) et avoir au moins 6.000 membres ; (ii) soit être une des confessions traditionnelles du pays (catholique, orthodoxe, évangélique, église réformée chrétienne, islamique, israélite). En 2013, sur la base de la loi de 2002, sept accords ont été signés, qui concernent 16 communautés religieuses. Trois communautés pour lesquelles le gouvernement a rejeté la demande d’accord ont introduit un recours devant la Cour européenne des droits de l’homme et ont obtenu gain de cause.

Une loi de 2013 élargit le champ des exonérations fiscales dont bénéficient les confessions enregistrées.

Une première vague de restitutions (fondée sur des lois de 1991 et 1992) a opéré un transfert important de biens (terres agricoles, forêts, propriétés urbaines, etc.) au bénéfice des confessions orthodoxe et islamique. Un projet de loi de 2013 prévoyant de nouvelles restitutions a soulevé de vives polémiques.

Depuis 2003 l’étude des religions est une matière optionnelle dans les établissements publics, à tous les niveaux d’enseignement ; la religion doit être étudiée en termes de philosophie, d’histoire et de culture à travers les diverses disciplines enseignées. Il est institué deux catégories de classes pour l’étude des religions : religion et religion-islam ; il est prévu que les enseignants doivent obligatoirement être diplômés en théologie orthodoxe ou en études islamiques.