La Constitution de 1992 prévoit la liberté religieuse, l’égalité des droits et l’absence d’Église d’État.

Bien qu’il n’existe pas d’Église officielle, l’Église protestante-luthérienne et les églises chrétiennes d’une manière générale bénéficient dans une certaine mesure d’un traitement privilégié (à travers la signature d’accords spécifiques).

La loi sur les églises et associations religieuses de 2002 donne une définition des différentes organisations religieuses (les Églises, les associations religieuses, les unions d’associations religieuses, les ordres et les sociétés religieuses[1]) et leur interdit d’exercer à titre principal des activités à but lucratif ; elles sont tenues de se faire immatriculer auprès des instances judiciaires locales pour obtenir une personnalité juridique de droit privé. Les confessions qui ne sont pas immatriculées jouissent de la liberté religieuse, sans avoir la personnalité morale et sans bénéficier des avantages prévus par la loi.

Les confessions enregistrées bénéficient de certains privilèges : libre organisation en fonction de leurs doctrines ; possibilité de bénéficier d’exonérations fiscales ; droit de célébrer des mariages avec effet civil ; droit d’établir des aumôneries (mais seules les organisations membres du Conseil ecclésiastique estonien voient leurs ministres bénéficier du statut d’employé public et être payés sur le budget de l’État).

La loi de 1993 sur l’autonomie culturelle des minorités nationales édicte que les citoyens qui professent une religion non majoritaire peuvent être reconnus comme minorité nationale.

Les relations entre l’État et les Églises ne sont pas fixées par la loi, mais par des accords spécifiques : accord avec le Saint-Siège (1998) qui a valeur de traité international ; simples traités administratifs ou accords de coopération de droit civil.

Le Conseil ecclésiastique estonien (qui réunit 10 églises chrétiennes, dont les deux plus importantes églises d’Estonie : l’Église protestante-luthérienne et l’Église Orthodoxe-apostolique qui est rattachée au patriarcat de Constantinople) a signé un protocole avec l’État ; à ce titre, il en est un partenaire privilégié pour les questions de liberté religieuse et bénéficie régulièrement de subventions. L’État n’a pas signé d’accords de cette nature avec d’autres confessions.

L’État assiste financièrement les organisations religieuses, de manière indirecte : entretien des bâtiments à valeur historique ; dispositions fiscales : exonération d’impôt sur le revenu, exonération de taxe foncière, privilèges sur l’impôt sur le chiffre d’affaires.

L’instruction religieuse est autorisée dans les établissements publics d’enseignement, mais depuis 2001 n’est plus obligatoire ; une école est cependant tenue d’en délivrer un s’il existe une demande émanant d’au moins 15 élèves ; l’enseignement délivré est non confessionnel.

Depuis 2001, l’administration dispose du droit d’autoriser les ministres des cultes enregistrés à célébrer des mariages ayant un effet civil ; ces officiants ont le droit de refuser le mariage si les futurs époux ne remplissent pas les critères définis par le culte concerné.

[1] Cette dernière catégorie est régie par la loi sur les organisations reconnues d’utilité publique