La Constitution de 1992 modifiée prévoit la liberté de religion, qui recouvre le droit de choisir sa confession, de la pratiquer et de l’enseigner.

L’État enregistre les mariages, naissances et décès et reconnaît les mariages enregistrés à l’Église.

Les établissements publics d’enseignement sont laïques ; si les parents le désirent, un enseignement religieux peut y être dispensé.

L’État reconnaît les églises et organisations religieuses traditionnelles, ainsi que les autres églises et organisations si elles ont une base dans la société et si leurs doctrines et leurs rites ne sont pas contraires à la morale et à la loi. Les églises et organisations religieuses reconnues par l’État ont la personnalité morale. Les églises et organisations religieuses propagent et exercent leur culte librement ; elles s’organisent librement selon leurs canons et leurs statuts ; le statut des églises et organisations dans l’État est fixé par des conventions ou par la loi. Il n’existe pas de religion d’État.

La loi sur les communautés religieuses et associations de 1995 confirme la séparation entre l’État et les Églises.

Elle liste 9 confessions traditionnelles (catholique romaine, catholique grecque, évangélique luthérienne, évangélique réformée, orthodoxe russe, orthodoxe vieux-croyants, israélite, musulmane sunnite et karaïte) qui sont reconnues par l’État comme faisant partie de l’héritage historique, spirituel et social de la Lituanie ; les confessions traditionnelles qui bénéficiaient déjà de la personnalité morale la conservent par simple information du ministère de la Justice ; les confessions traditionnelles nouvellement établies (ou ré-établies) obtiennent cette personnalité par une démarche auprès du ministère de la Justice (sans être obligées de déposer leurs statuts). Les confessions traditionnelles bénéficient d’avantages spécifiques en matière d’instruction religieuse (voir infra) et en matière de financement de leurs établissements de formation (dès lors qu’ils délivrent un enseignement conforme aux standards publics).

La loi définit les modalités de reconnaissance des autres cultes. Ces derniers peuvent être reconnus par le Parlement sous condition d’être inscrit au registre du ministère de la Justice depuis plus de 25 ans. Ces confessions obtiennent la personnalité morale après enregistrement de leurs statuts.

Les confessions reconnues bénéficient : de la personnalité morale de droit public (prévu par le Code civil) ; de la liberté d’organisation et d’exercice de leur culte ; du droit d’établir des aumôneries, en accord avec les autorités concernées ; du droit de délivrer une instruction religieuse à la demande des parents dans les établissements publics ; du droit de propriété ; du droit d’instituer des établissements d’enseignement ou à caractère social ; de la possibilité de bénéficier de subventions pour leurs actions culturelles, éducatives ou caritatives (en pratique, les confessions traditionnelles sont privilégiées) ; d’avantages fiscaux et d’une affiliation à la sécurité sociale pour leurs salariés.

Dès l’indépendance du pays en 1990, est entériné par le gouvernement le statut de l’Église catholique, qui reconnaissait l’autonomie de l’Église et prévoyait une collaboration avec l’État ; ce document ne possédait pas force de loi. En 2000 l’État a signé 3 accords de coopération avec le Saint-Siège. C’est la seule confession dont les relations avec l’État sont réglées par une convention (la constitution prévoyant que ces rapports peuvent être régis par un accord ou une loi). Ces accords prévoient que : l’État accorde des financements pour les centres de formation des enseignants en religion catholique et pour la faculté théologique catholique ; les enseignants de la faculté catholique de théologie sont des fonctionnaires ; les diplômes délivrés par certains établissements catholiques sont reconnus par l’État ; l’Église catholique dispose d’un accès aux médias publics.

À la demande des parents d’élèves, une instruction religieuse peut être délivrée dans les écoles publiques pour l’une des 9 confessions traditionnelles reconnues par la loi de 1995 ; ce droit n’est pas prévu pour les autres confessions reconnues. Pour les élèves qui ne souhaitent pas recevoir une instruction religieuse, il est prévu un enseignement de l’éthique.

La loi sur la formation offre la possibilité de créer des établissements mixtes entre les collectivités publiques et les confessions traditionnelles ; la Cour constitutionnelle a précisé que ces établissements étaient laïques.

Il existe un mariage civil. Les mariages célébrés par les officiants des cultes reconnus sont valides civilement sous réserve d’être transcrit sur les registres d’état-civil.