La Constitution de 1992 fait référence dans son préambule à l’héritage spirituel des saints Cyrille et Méthode. Elle proclame la liberté religieuse et l’autonomie des Églises ; elle précise que la République n’est liée à aucune religion.

La République reconnaît aux Églises un statut d’institution publique sui generis et collabore avec elles sur un pied d’égalité (les Églises sont considérées comme un élément important de la vie sociale et culturelle et un facteur de formation d’une conscience morale et spirituelle de l’État).

La loi de 1991 sur la liberté religieuse et le statut des Églises précise que toutes les communautés sont égales devant la loi, mais que l’État peut négocier des accords spécifiques. Aux termes d’une loi de 1992 modifiée la reconnaissance d’un culte intervient après inscription sur un registre tenu par le ministère de la Culture (la communauté doit avoir au moins 20.000 membres). La plupart des cultes reconnus ne remplissent la condition relative au nombre de membres ; ces cultes ont bénéficié d’une disposition dispensant d’enregistrement les communautés qui étaient légalement actives à la date de promulgation de la loi. Il y actuellement plus de 36 Églises enregistrées.

La Slovaquie et le Saint-Siège ont conclu trois accords en 2000 (indépendance de l’Église), 2002 (rôle dans les forces armées) et 2004 (éducation religieuse). L’État a également conclu une convention avec les Églises enregistrées.

L’État a initié une politique de restitution aux Églises des biens confisqués pendant la période communiste, qui doit permettre aux Églises de prendre en charge la rémunération de leur clergé. Il incombe toujours à l’État une obligation (héritée de la période communiste où elle constituait un moyen de contrôler les religions) d’assister financièrement les Églises pour leur permettre de payer leur clergé ; à ce titre, l’État leur verse des subventions (mais certains cultes ont décidé de ne pas utiliser cette possibilité).

Tout contribuable peut attribuer un pourcentage de son impôt sur le revenu à diverses institutions dont font partie les Églises.

Les Églises peuvent solliciter des subventions publiques pour l’entretien des bâtiments historiques qui leur appartiennent ou pour leurs activités sociales et caritatives.

Les Églises bénéficient d’exonérations fiscales.

Les Églises enregistrées ont le droit de délivrer, dès lors qu’un nombre minimum d’élèves est réuni, une instruction religieuse dans toutes les écoles primaires et secondaires du système scolaire (qui comprend les établissements publics et les établissements confessionnels) ; il s’agit d’un enseignement facultatif (les élèves qui demandent à en être dispensés reçoivent un cours sur l’éthique) ; les enseignants sont choisis par le culte concerné.

Les Églises enregistrées ont le droit d’ouvrir des établissements d’enseignement, dont les diplômes sont reconnus par l’État (ces établissements ont le droit de ne pas dispenser des programmes dont le contenu est contraire à leurs dogmes) ; ces écoles bénéficient d’une aide financière de l’État par élève égale à celle attribuée aux établissements publics.

Il existe des facultés de théologie au sein des universités publiques. L’Église catholique a fondé une université confessionnelle qui reçoit des subventions publiques.

Les Églises enregistrées ont le droit d’établir des aumôneries dans l’armée en fonction des religions majoritairement pratiquées par les soldats (en pratique sont concernées l’Église catholique et l’Église de la Confession d’Augsbourg) et les services de police, les hôpitaux, les prisons.

La législation reconnaît le mariage civil et le mariage religieux (qui produit les mêmes effets que le mariage civil) ; dans ce dernier cas, les autorités ecclésiastiques doivent en informer l’administration chargée de l’état-civil.