La Constitution de 1991 proclame la séparation de l’État et des Églises, l’égalité entre ces dernières et leur autonomie. Elle protège la liberté de religion ou de non-croyance ; elle proscrit la discrimination religieuse.

Pendant longtemps les communautés religieuses ont été régies par une loi de 1976, datant de la période où la Slovénie faisait partie de la Yougoslavie. Son application dans la Slovénie indépendante s’est révélée problématique et les nouvelles religions ont connu des difficultés pour obtenir leur enregistrement.

Depuis 2000 de nombreuses conventions ont été signées entre l’État et diverses religions (protestante, catholique, orthodoxe, pentecôtiste, islamique, bouddhiste) pour clarifier leur situation juridique.

Depuis 2007 une nouvelle loi définit le statut des religions et les procédures de leur enregistrement. Sont considérées comme des institutions d’utilité publique les organisations qui encouragent la spiritualité et la dignité humaine, prônent des valeurs fondamentales et jouent un rôle dans la vie publique. Les religions peuvent être déclarées auprès de l’Office des cultes (un minimum de 100 membres et une ancienneté d’activité de 10 ans sont exigés) ; l’exercice d’un culte reste libre, qu’il soit enregistré ou non ; cet enregistrement garantit aux cultes l’exercice de leurs droits, mais n’implique aucune reconnaissance étatique particulière. Les cultes enregistrés sont des personnes morales de droit privé et ne sont soumis à aucun contrôle de l’État, en tant que tels.

De manière générale le système juridique établit la neutralité de l’État et une séparation stricte de l’État et des religions, sans exclure des formes de coopération pour le bien commun.

L’objectif fixé par la loi sur l’éducation est de conduire l’élève à une libre détermination dans une multitude de connaissances et de convictions.

La loi établit une distinction entre établissements publics et privés (confessionnels ou non) ; les programmes de ces derniers étant soumis à l’approbation de l’État sur la base de standards identiques à ceux des écoles publiques (avec reconnaissance de leurs diplômes).

Les écoles publiques doivent être neutres sur le plan religieux ; la loi interdit dans les écoles publiques tout enseignement religieux portant sur un culte spécifique (une telle instruction n’est permise que s’il n’existe aucun endroit adéquat sur la commune pour délivrer cette instruction) ou la pratique de rites religieux. Dans les écoles privées, les activités religieuses sont autorisées, mais doivent se tenir en dehors du programme normal. 

Les écoles privées (confessionnelles ou non) peuvent recevoir des financements publics selon deux processus :

— Les écoles privées autorisées par l’État font partie du système scolaire public ; elles supportent toutes les obligations incombant aux écoles publiques et sont financées par l’État selon des modalités identiques à celles des écoles publiques.

— Les écoles privées qui appliquent les programmes publics et répondent aux conditions légales, mais qui ne sont pas titulaires d’une autorisation délivrée par l’État ont droit à une aide financière publique à hauteur de 85% de la dotation par élève qui est attribuée aux écoles publiques.

L’État ou les collectivités locales peuvent accorder des subventions aux cultes. Ces subventions, d’un montant limité, concernent essentiellement : la couverture des frais d’assurance maladie et vieillesse du clergé (garantie par l’État depuis 1991) ; le cofinancement de la restauration de biens cultuels.

Les cultes bénéficient d’exonérations fiscales.

La loi de dénationalisation de 1991 prévoit la restitution aux Églises des biens qui leur ont été confisqués sous le régime communiste ou le versement d’une indemnisation.

Les conventions signées par l’État avec certains cultes permettent l’ouverture d’aumôneries dans les forces armées financées par l’État. Une assistance spirituelle est également prévue dans les prisons, les hôpitaux ou les maisons de retraite, sur financement de l’institution concernée.

La loi ne reconnaît que le mariage civil.