Une étude menée en janvier 2016 (dont rend compte le journal Le Monde dans son édition du 10-11 janvier 2016) par la sociologue Béatrice Mabilon-Bonfils et l'historien François Durpaire (Fatima moins bien notée que Mariane) met en évidence que les préjugés sur les musulmans et l'islam ont la vie dure dans les manuels scolaires. Une analyse lexicale de 15 manuels d'histoire destinés aux élèves de seconde, première et terminale du lycée général et de neuf manuels destinés aux professeurs les conduit à deux constats : le mot islam est très souvent associé aux termes attentats, islamisme, terrorisme, 11 septembre, Den Laden ou Al Qaida ; cette religion apparaît comme étrangère à la France. "Une telle représentation peut conduire à alimenter une phobie et à produire une vision caricaturale de cette religion".
L'examen des programmes scolaires auxquels s'appliquent ces ouvrages montre que l'islam est abordé de la seconde à la terminale sous l'angle des conflits et notamment des conflits internationaux récents (Iran, Irak, conflit israélo-palestinien, Egpte et Frères musulmans). "Cet accent mis sur la conflictualité conduit à véhiculer une image erronée de l'islam". L'islam en France est quant à lui peu évoqué (son traitement se résume à la laïcité et à la question du port du voile.
Ces critiques ne sont pas nouvelles. Une étude de la Haute autorité de lutte contre les discriminations et pour l'égalité (HALDE) s'étonnait déjà en 2008 de voir l'islam représenté par une mosquée située hors du territoire national, quand le catholicisme était illustré par la cathédrale de Chartes ; comme si la religion musulmane était étrangère à la France.
Selon une étude réalisée par l'institut allemand Georg Eckert sur les manuels de cinq pays européens, dont la France, l'image de l'islam serait "dépassée et simpliste". Elle tendrait à nourrir "la perception d'une religion menaçante pour l'Occident", selon la thèse que prépare Sonia Mejri, doctorante à l'université de Montpellier-III, sur les conceptions et images de l'islam et des arabes dans les manuels de 1948 à 2008. Plus mesurée, une étude publiée en 2011 par deux professeurs du secondaire, relève quelques simplifications, mais aussi un souci des éditeurs d'éviter les jugements de valeur.
Pour d'autres spécialistes, les clichés qui peuvent être relevés sont moins importants que les impasses des programmes d'histoire, qui alimentent une certaine vision de l'islam. Dominique Borne, spécialiste de l'enseignement de l'histoire, souligne que les origines de l'islam sont abordées au collège et qu'ensuite il y a peu de choses. "Il serait indispensable de montrer la diversité des islams, la distinction entre sunnisme et chiisme, l'évolution historique de l'islam en tant que civilisation, les migrations, sans se réduire au religieux".