Dans un article publié dans l'édition du journal Le Monde du 22 janvier 2016, la journaliste et essayiste Caroline Fourest exprime des critiques à l'égard de l'Observatoire de la laïcité et de son président, Jean-Louis Bianco. Elle reproche notamment à ce dernier de "s'afficher aux côtés de partisans d'une laïcité ouverte aux accomodements religieux, façon l'association Coexister. Doté d'importants moyens, ce collectif proche de l'Eglise catholique limite la laïcité à la neutralité. il la pratique essentiellement à travers le dialogue interreligieux, pouvant aller des sympathisants de la Manif pour tous aux Frères musulmans. L'un de ses animateurs, Samuel Grzybowski dit trouver intéressant ce courant de l'islam politique totalitaire...il refuse de considérer les sciences comme supérieures aux croyances au sein de l'éducation nationale".

Dans un article publié dans l'édition du journal Le Monde du 26 janvier 2016, Samuel Grzybowski, fondateur de l'association Coexister, conteste une proximité particulière avec l'Eglise catholique ou avec les Frères musulmans et déclare que les membres de son association sont "libres de leurs idées tant qu'ils respectent et promeuvent nos 7 principes fondamentaux : unité, diversité, identité, altérité, sincerité, liberté et laïcité". Il déclare aussi refuser une confrontation entre sciences et croyances, mais établir une distinction entre les deux, comme le fait le ministère dans le livret Laïcité.

S. Grzybowski considère qu'à force de vouloir polémiquer "l'essayiste dénature le principe de la laïcité. Il ne sert pas à neutraliser l'espace public comme elle le souhaite, mais à l'apaiser". Il considre que "nous sommes tous laïques, croyants et non-croyants, dès lors que nous nous accordons sur les principes fondamentaux qui découlent de la laïcité : liberté de conscience et de culte, séparation entre l'Etat et les Eglises, égalité de tous les citoyens devant la loi, neutralité de l'Etat et de ceux qui exercent une mission de service public...La laïcité n'est pas une opinion, elle est le cadre qui les permet toutes, dans le respect mutuel".

S. Grzybowski explique que certains voudraient aller au delà de ces principes et "engager ce qu'Emile Combes appelait le processus de laïcisation intégrale, faire de la laïcité une religion d'Etat". Tout pareillement, les laïcistes de 2016 veulent une neutralité de l'espace public qui n'existe pas. Entre "ceux qui défendent la laïcité d'Aristide Briand et des pères fondateurs de 1905 face à ceux qui veulent neutraliser la société civile, les uns et les autres ont le droit de leurs idées, mais ils n'ont pas la même idée du droit".

Pour S. Grzybowski, la stricte application de la loi de 1905, sans compromis, ni concessions, n'exige pas, par exemple, l'interdiction du port de signes religieux à l'université par des adultes. Il déclare que son association pratique "une coexistence active, une pédagogie de l'action, une méthode de terrain pour nos bénévoles...En passant du vivre-ensemble au faire-ensemble par l'organisation d'activités de dialogue, de solidarité et de sensibilisation dans les écoles, les coexistants issus de toutes les convictions deviennent les créateurs de lien social. Ils sont capables de défendre en même temps des principes trop souvent présentés comme contradictoires : l'unité et la diversité, l'identité et l'altérité...Cette façon de faire usage de la liberté de croire ou de ne pas croire pour faire de chaque conviction personnelle une contribution supplémentaire à la laïcité est proprement au coeur de l'intuition fraternelle des pères de la laïcité...Défendre la laïcité, c'est promouvoir la paix. Une paix possible à condition que la laïcité reste avant tout un principe de liberté et un principe de cohésion".