Invitée sur France Inter le 6 janvier 2016, à l'occasion de la commémoration de l'attentat contre Charlie Hebdo, la philosophe, Elisabeth Badinter, en évoquant la nécessité de défendre la laïcité, avait déclaré : "il ne faut pas avoir peur de se faire traiter d'islamophobe, qui a été pendant pas mal d'années le stop absolu, l'interdiction de parler et presque la suspicion sur la laïcité". Elle avait précisé plus tard, tout en appelant à combattre avec force le racisme, l'antisémitisme et le racisme anti-musulman, que "la peur, pour des gens de bonne foi, qu'on puisse penser que vous êtes raciste ou anti-musulman fait que vous vous taisez".

Nicolas Cadène, rapporteur général de l'Observatoire de la laïcité, avait réagi le même jour dans un tweet qui déclarait que cette intervention détruisait un travail pédagogique de 3 ans.

Cette déclaration a déclenché une véritable guerre des laïcités.

Suite à cette déclaration, 3 membres de l'Observatoire de la laïcité (Jean Glavany, député PS ; Françoise Laborde, sénatrice PRG ; Patrick Kessel, président du comité Laïcité République) ont annoncé qu'ils suspendaient leur participation aux travaux de l'Observatoire. Ce n'est pas la première fois que ces membres manifestent un désaccord avec les prises de position de l'Observatoire. C'est ainsi que M. Glavany a souligné "qu'il y a toujours eu deux grandes écoles de la laïcité, la première davantage droits-de-l'hommiste et antiraciste, la seconde plus républicaine, qui pense que le droit à la différence ne doit pas être la différence des droits...J'ai toujours pensé que les socialistes doivent faire la synthèse des deux. Or Bianco a pris parti pour la première école".

Le Premier Ministre, Manuel Vals, lors d'une conférence-débat organisée par le Conseil représentatif des organisations juives (CRIF) le 18 janvier 2016 a critiqué la déclaration de Nicolas Cadène et repproché au Président de l'Observatoire d'avoir signé un appel ("Nous sommes unis") signé également par des organisations (est vraisemblablement visé le Collectif contre l'islamophobie en France - CCIF- qui est considéré comme proche des Frères Musulmans) que le Premier Ministre considère "comme participant d'un climat que l'on a évoqué tout à l'heure [nauséabond]".

Dans un communiqué publié le 19 janvier 2016, le Président de l'Observatoire souligne que l'appel en question a été signé par 80 personnalités indiscutables (la présidente de la commission nationale consultative des droits de l'homme, la présidente d'ATD quart monde, le président de la ligue de l'enseignement, le président du conseil franais du culte musulman, etc.). Il précise également que l'Observatoire est une institution indépendante qui n'est pas placée sous la responsabilité du Premier Ministre.

Le 21 janvier 2016, Hugues Portelli, sénateur LR, a démissionné de l'Observatoire et demandé au Président du sénat de ne nommer personne pour le remplacer tant que la situation ne sera pas clarifiée. 

Dans un communiqué du 22 janvier 2016, le Président de l'Observatoire appelle chacun à sortir de la polémique et fait état de sa communauté de penser avec le Premier Ministre quand ce dernier déclare que "La laïcité, c'est ce principe extraordinaire qui permet de rassembler toutes les différences" ou avec le M. Caseneuve, ministre de l'Intérieur, qui souligne que "La laïcité n'a pas à se durcir, mais à s'affirmer. Tout est déjà dans la loi. Il faut l'appliquer sereinement, sagement".

Ces échanges très vifs montrent que la laïcité demeure un sujet sensible. Jean-Louis Bianco, dans une interview donnée le 21 janvier 2016 au journal Le Monde, défend l'action de terrain menée par l'Observatoire. Il ne dénie pas que ces incidents sont en partie liés à l'opposition de deux conceptions de la laïcité. Il constate le développement depuis quelques années d'une "réaction laïciste intégriste". Il considère que le débat a été tranché en 1905 quand "Aristide Briand, Ferdinand Buisson, Jean Jaurès et, finalement, Georges Clémenceau, avaient rappelé que la loi de séparation des Eglises et de l'Etat était d'abord une loi de liberté".

Jean Baubérot, spécialiste de lalaïcité, a apporté dans une chronique publiée dans l'édition du 22 janvier 2016 du journal Le Monde, son soutien à l'Observatoire. Il considère qu'il ne s'agit pas d'oppposer laïcité molle et laïcité dure. Il estime que la polémique a des racines anciennes avec l'existence de deux organismes (aujourd'hui disparus) qui représentaient des conceptions différents de la laïcité : la Halde préoccupée par le respect des libertés et le HCI qui liait laïcité et gallicanisme (contrôle de la religion hérité des rois de France). Pour lui, l'enjeu premier de cette dispute est la lutte entre fondamentalisme et connaissance. Il rappelle que le loi de 1905 constituait une double rupture : supprimer l'officialité de la religion ; supprimer le gallicanisme.

A l'opposée, dans la même édition du journal Le Monde, l'essayiste Caroline Fourest considère que l'Observatoire et son président sont devenus sourds et aveugles face à la montée des intégrismes. Pour elle, il s'agit de "savoir si l'Etat veut défendre la laïcité face aux intégristes et  leurs alliés, ou s'il veut s'en accomoder au tire du dialogue inter-religieux et de la laïcité ouverte". Elle considère que l'Observatoire minimise l'intégrisme, voire cautionne ceux qui tiennent ces discours. Elle dénonce une trop grande proximité avec des partisans de la laïcité ouverte (par exemple, l'association Coexister). Elle regrette la signature de l'appel Nous sommes unis qui fait voisinner l'Observatoire avec des organisations islamistes (CCIF) dont le but est de "convaincre les musulmans que la France les abandonne, afin de les pousser dans les bras de prédicateurs intégristes".

Une déclaration commune de la Fédération nationale de la Libre-pensée, de la Ligue des droits de l'homme et de la ligue de l'enseignement souligne que les attaques contre l'Observatoire sont injustifiées et dénuées de fondements et que ses travaux constituent des apports précieux. L'Observatoire n'est ni un décideur, ni un juge. Il a un rôle de conseil et son apport juridique est incontestable. "Ses avis et ses recommandations, donnant la loi et rien que la loi, sont nécessaires. Leur mise en œuvre peut légitimement être discutée à condition d’être menée de façon rationnelle et dans le respect mutuel".